Tryb tworzenia obszarów Natura 2000 określają szczegółowo art. 27 – 27a ustawy o ochronie przyrody, a ich istotą, jako formy ochrony przyrody, jest zasadniczo zakaz podejmowania jakichkolwiek działań, które mogłyby znacząco negatywnie wpłynąć na gatunki roślin lub zwierząt, dla których wprowadzono ochronę. Zabrania się więc podejmowania działań mogących, znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000, w szczególności:
- pogorszyć stan siedlisk przyrodniczych lub siedlisk gatunków roślin i zwierząt, dla których ochrony wyznaczono obszar Natura 2000 lub
- wpłynąć negatywnie na gatunki, dla których ochrony został wyznaczony obszar Natura 2000, lub
- pogorszyć integralność obszaru Natura 2000 lub jego powiązania z innymi obszarami.
Jednakże w świetle art. 34 ust. 1 ustawy o ochronie przyrody, jeśli przemawiają za tym konieczne wymogi nadrzędnego interesu publicznego, w tym wymogi o charakterze społecznym lub gospodarczym, i wobec braku rozwiązań alternatywnych, właściwy regionalny dyrektor ochrony środowiska (bądź ewentualnie dyrektor właściwego urzędu morskiego) może zezwolić na podjęcie planu lub działania, mogącego znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000.
- wskazanie siedlisk i gatunków chronionych będących przedmiotem ochrony obszaru Natura 2000,
- przygotowanie charakterystyki rozmieszczenia siedlisk przyrodniczych oraz gatunków i ich siedlisk,
- określenie wielkości zasobów gatunków i siedlisk na inwentaryzowanym terenie, stanu zachowania struktury i funkcji siedlisk przyrodniczych oraz powierzchni i stanu zachowania siedlisk gatunków,
- wskazanie znaczenia obszaru dla zachowania populacji gatunków lub zachowania siedlisk,
- określenie zagrożeń dla analizowanego obszaru Natura 2000 i powiązań między obszarami sieci Natura 2000,
- oszacowanie skutków wywołanych w środowisku za sprawą realizacji przedsięwzięcia lub planowanego działania.